Bivši reprezentativac BiH, Stjepan Lončar karijeru je započeo u omladinskim kategorijama NK Široki Brijeg, gdje je prošao sve uzrasne selekcije.
Nakon kratke posudbe u Neretvancu, vratio se u Široki Brijeg i debitovao za seniorski tim 24. jula 2016. godine.
U periodu od 2016. do 2018. godine, Lončar je odigrao 48 utakmica za Široki Brijeg, postigavši 3 gola. Njegove impresivne partije dovele su do transfera u HNK Rijeku 2018. godine, gdje je u 89 nastupa postigao 8 golova.
Tokom boravka u Rijeci, osvojio je dva Hrvatska kupa u sezonama 2018/19 i 2019/20.
Godine 2021. prelazi u Ferencváros, s kojim osvaja mađarsku ligu i kup u sezoni 2021/22. Tokom 2022. i 2023. godine bio je na posudbama u belgijskom Kortrijku i kazahstanskoj Astani.
U 2024. godini potpisuje za poljski Lech Poznań, ali bilježi samo dva nastupa za prvi tim.
Na reprezentativnom nivou, Lončar je prošao sve omladinske selekcije Bosne i Hercegovine, a za seniorski tim debitovao je 31. januara 2018. godine u prijateljskoj utakmici protiv Meksika.
Do 2021. godine upisao je ukupno 11 nastupa za “Zmajeve”. Dana 30. novembra 2023. godine, Lončar se povukao iz reprezentativnog fudbala, navodeći “nefudbalske stvari” kao razlog svoje odluke.
Prema informacijama iz decembra 2024. godine, Lončar je u pregovorima o raskidu ugovora s Lechom Poznań, gdje nije dobio značajnu minutažu. Postoje spekulacije da bi mogao pojačati FK Željezničar, što bi predstavljalo značajno pojačanje za sarajevski klub.
Lončar je poznat po svojoj visini od 1,87 m, što mu daje prednost u duelima i igri glavom.
Njegova svestranost i iskustvo iz različitih evropskih liga čine ga vrijednim dodatkom svakom timu.
