Disciplinska komisija Fudbalskog saveza Bosne i Hercegovine je na sastancima održanim 20. februara i 5. marta kaznila klubove i pojedince ukupnim iznosom od 42.000 KM, na osnovu prijava Komiteta za takmičenje FSBiH.
Željezničar i Borac će platiti po 12.000 KM kazne. Željezničaru je izrečena novčana kazna zbog niza prekršaja, uključujući slabu organizaciju utakmice, upotrebu pirotehnike, lasera i bacanje predmeta na teren, što se dogodilo tokom vječitog derbija protiv Sarajeva na stadionu Grbavica.
Borac je kažnjen sa 10.000 KM i zabranom prisustva gledalaca na istočnoj tribini Gradskog stadiona u Banjoj Luci u narednoj utakmici, takođe zbog niza prekršaja u prvoj četvrtfinalnoj utakmici sa Sarajevom. Dodatno, Borac će platiti 2.000 KM zbog upotrebe pirotehnike tokom utakmice protiv GOŠK-a.
Velež će platiti 4.500 KM zbog upotrebe pirotehnike u utakmicama s Posušjem i Borcem, dok će Zrinjski platiti 4.000 KM zbog istog prekršaja u utakmicama protiv Igmana i Jedinstva. Trener Zrinjskog, Željko Petrović, kažnjen je sa 1.000 KM zbog nesportskog ponašanja.
Sloga je kažnjena sa 2.000 KM zbog slabe organizacije utakmice protiv Zrinjskog, dok je službeni predstavnik kluba iz Doboja, Zlatko Maksimović, kažnjen sa istim iznosom zbog nesportskog ponašanja.
Široki Brijeg je kažnjen sa 2.500 KM zbog upotrebe pirotehnike protiv Igmana, dok je Sarajevo kažnjeno sa 2.000 KM zbog istog prekršaja protiv Zvijezde na stadionu u Ugljeviku.